在末班列车结束后，你选择入住了一家胶囊旅馆。由于时间已晚，你没有多余的时间去寻找自动售票机或排队等待工作人员处理，因此你直接进入了旅馆。你按照指示将卡片插入指定的机器或交给前台，但在第二天准备离开时，发现你的卡并没有被增删次数或者扣除费用。这可能是因为旅馆的系统出现了故障，或者是操作过程中出现了错误。

建议你尽快联系胶囊旅馆的工作人员，解释情况并提供相关证明（如支付凭证）。如果是在一个大型连锁旅馆，通常会有明确的退卡和退款流程；如果是小型独立旅馆，则需要与工作人员协商解决办法。同时，为了避免类似问题再次发生，你可以提前了解该胶囊旅馆的具体操作流程，并确保自己的卡片信息准确无误。