《火蝴蝶II》继续讲述主角林若在神秘组织“焰心社”的冒险。随着记忆碎片的拼凑，她发现自己竟是失落文明的后裔。然而，一个代号为“暗焰”的叛徒开始猎杀所有知情者。在好友叶峰的帮助下，林若潜入敌巢寻找真相。途中，她意外觉醒了操控火焰的新能力——可以将火焰化为实体武器。但每次使用都会消耗大量体力，甚至威胁生命。与此同时，林若发现焰心社内部正酝酿一场巨大阴谋，目标是唤醒远古神兽引发灾难。为了阻止这一切，她必须与时间赛跑，在力量与意志的双重考验中成长，同时面对自己内心深处关于背叛与复仇的选择。