《超级机器人大战D》的隐藏要素包括“时空潜航系统”，玩家可通过特定条件解锁，体验额外剧情和隐藏任务。游戏中还设有“秘密档案”，收集特定道具后可解锁经典机体的设计设定与背景故事。此外，达成特定条件还能获得隐藏角色及强力装备，提升游戏挑战性和可玩性。这些要素不仅丰富了游戏内容，也满足了粉丝对经典作品的深度探索需求。